L'intérêt majeur de la ZPS réside dans la présence d’importantes colonies d'oiseaux marins et dans la diversité des espèces présentes. Il s'agit, pour ces espèces, d’un site majeur à l'échelle nationale. Ce ne sont pas moins de 12 espèces inféodées aux milieux marins qui se reproduisent à l'heure actuelle sur les îles de l'archipel.
C’est ainsi le seul point de nidification en France du Fou de Bassan, en limite méridionale de son aire de reproduction. Les Sept-Iles abritent la quasi-totalité de la population nicheuse française de Macareux moine et de Pingouin torda. C’est aussi un site important pour la reproduction du Fulmar boréal et du Puffin des anglais.
L’extension de la ZPS vers le large permet d’englober dans le périmètre de gestion du site Natura 2000 une partie des zones d’alimentation ou de repos de ces espèces d’oiseaux marins.
La ZPS est également un site important pour l'hivernage du Bécasseau violet, dont le nombre atteint la cinquantaine d'individus soit environ 3 à 4 % de l'effectif connu hivernant chaque année en France.
