C’est un site de fréquentation saisonnière par des mammifères marins (Grand dauphin, Dauphin commun, Marsouin commun). Mais l’enjeu porte essentiellement sur le Phoque gris, reproducteur dans l’archipel des Sept Iles. Cette espèce fréquente l’ensemble de la zone d’extension du site Natura 2000 de façon continue, jusqu’à l’archipel des Triagoz.
L'Escargot de Quimper est une espèce d'intérêt communautaire présente uniquement en Bretagne et au pays Basque.
7 espèces d'amphibiens d’intérêt communautaire ont été identifiées sur le site de la Côte de Granit Rose : la Rainette verte, le Crapaud calamite, l’Alyte accoucheur, la Grenouille agile, la Grenouille verte, la Grenouille rousse et le Triton marbré. Principales menaces : Dégradation de leurs habitats : destruction de zones humides, pollutions, introduction d’espèces prédatrices (tortue de Floride). Les espèces migratrices font l’objet de nombreux écrasements routiers.
Parmi les reptiles observés sur le site, le Lézard vert se rencontre là où la végétation est dense et ensoleillée.
